Khu rừng đặc dụng Phong Nha được chuyển thành Khu bảo tồn thiên nhiên Phong Nha theo Quyết định số 964/QĐ-UB ngày 05/12/1993 của UBND tỉnh Quảng Bình với tổng diện tích 41.132 ha.
Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng được thành lập theo Quyết định số 189/TTg của Thủ tướng Chính phủ ngày 12 tháng 12 năm 2001. Theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, Vườn Quốc gia có tổng diện tích là 85.754 ha, trong đó Phân khu Bảo vệ nghiêm ngặt có diện tích là 64.894 ha, Phân khu Phục hồi sinh thái diện tích là 17.449 ha và Phân khu Hành chính dịch vụ có diện tích là 3.411 ha.
Tại cuộc họp toàn thể của Uỷ ban Di sản Thế giới lần thứ 27 diễn ra tại Trụ sở UNESCO (Paris) từ ngày 30 tháng 6 đến ngày 05 tháng 7 năm 2003, Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng chính thức được UNESCO công nhận là Di sản thiên nhiên thế giới với tiêu chí số viii: có các giá trị địa chất, địa mạo và địa lý nổi bật toàn cầu.
Được Bộ Tài nguyên và Môi trường tặng Bằng khen vì đã có nhiều thành tích xuất sắc trong hoạt động bảo vệ môi trường.
Được Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen vì “Đã có nhiều thành tích trong công tác từ năm 2002 đến 2007, góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc”.
Chính phủ Việt Nam ban hành Quyết định thành lập Khu rừng cấm Phong Nha với diện tích hơn 50.000 ha nhằm bảo tồn hệ sinh thái rừng nguyên sinh và di sản địa chất quý hiếm.
Được Chủ tịch nước Cộng hoà Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam tặng Huân chương Lao động hạng Ba.
Uỷ ban nhân dân tỉnh Quảng Bình ban hành Quyết định số 36/2012/QĐ-UBND ngày 28/12/2012 về việc Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của BQL VQG Phong Nha – Kẻ Bàng (thay thế Quyết định số 65/2003/QĐ-UB ngày 28 tháng 11 năm 2003 UBND Quảng Bình về việc tổ chức lại bộ máy Ban quản lý Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng).
Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 1062/QĐ-TTg ngày 05/7/2013 về việc điều chỉnh ranh giới VQG Phong Nha – Kẻ Bàng từ 85.754 ha lên tổng diện tích là 123.326 ha (tăng 30.570 ha).
Ngày 03 tháng 7 năm 2015, kỳ họp lần thứ 39 tại Bonn, Cộng Hòa Liên Bang Đức, Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng lần thứ hai được ghi danh Di sản thế giới với 2 tiêu chí mới: (có giá trị nổi bật đại diện cho các tiến trình sinh thái trong sự tiến hóa và phát triển của các hệ sinh thái trên cạn (tiêu chí ix); sở hữu môi trường sống tự nhiên có ý nghĩa nhất đối với việc bảo tồn đa dạng sinh học (tiêu chí x)).